专著
1. 《公共健康与知识产权国际保护问题研究》，中国社会科学出版社，2012年版。
2. 《公共健康危机与WTO知识产权制度的改革——以TRIPS协议为中心》，武汉大学出版社，2005年版。
编著
1.肖永平、冯洁菡主编：《中国促进国际法治报告》（2015-2018年卷），中国社会科学文献出版社。
2.Annual Report on Chinese Practice in Promoting the International Rule of Law, edited with Xiao Yongping (2015-2018), Social Science Academic Press.
译著
Barry E. Carter and Allen S. Weiner （eds.），冯洁菡译：《国际法》（第六版，上下卷），商务印书馆2016年版。
论文
1. 《专属经济区内实施低烈度军事网络行动——《塔林手册2.0》相关规则评述》，《云南民族大学学报》（哲社版）2019年第5期。
2.《美国海军“航行自由”行动及效果评价》，《中国海洋法年刊》（2018年卷）。
3. “专利本地实施要求的合法性之争”，《暨南大学学报》2014年第9期。
4. “Current Situations and Trends of Disputes over Invalidation of Pharmaceutical Patent Rights in China”, TWN, China Access to Medicines Research Group, 2013.
5. “中央政策在地方贯彻的法律引导和保障：美国实践及其对中国的启示”，《国外社会科学》2012年第4期.
6. “印度仿制药品过境运输争端案评析”，《法学杂志》2011年第12期。
7. “大陆架的权利基础——自然延伸与距离标准”，《法学论坛》2010年第5期（人大复印资料《国际法学》2011年第2期全文转载）。
8. “TRIPS协议下的公共健康例外和药品的可专利性条款分析”，《珞珈法学论坛》2010年第九卷。
9. “TRIPS协议下对药品数据的保护及限制——以国际法和比较法为视角”，《武汉大学国际法评论》2009年第6卷。
10. “浅析罗马规约中的豁免规则——以巴希尔案为视角”，《法学评论》2010年第3期。
11. “药品专利强制许可——< 多哈健康宣言>之后的发展”，《武汉大学学报》（哲社版），2008年第5期（人大复印资料《国际法学》2009年第1期全文转载）。
12. “国际组织与知识产权的国际保护”，《法学评论》2007年第3期。
13. “知识产权保护要国际化与本土化相结合”，《人民法院报》2007年6月21日。
14. “知识产权国际保护中的利益平衡问题”，《月旦财经法》2007年第10期。
15. “中国知识产权保护：任重而道远”，《法学评论》2006年第1期。
16. “发展中国家与知识产权的国际保护”，《广西政法管理干部学院学报》2006年第6期。
17. “公共健康危机、药品的可及性及其平行进口”，《法律适用》2004年第12期。
18. “从特权到私权：知识产权的产生和发展”，《中国知识经济》2004年第6期。
19. “全球公共健康危机、知识产权国际保护与WTO多哈宣言”，《法学评论》2003年第2期。
